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引物合成标记用试剂

发布时间:2018-07-26 16:39 |  点击次数:

经典的oligo合成是从3'端到5'端,因此在5'端连接染料是明智选择。修饰5'端的试剂通常与oligo5'端的羟基反应。因此Dye单体是常用的5'端标记试剂,在DNA合成中不需要改变操作步骤。通常荧光标记的oligo是用浓氨水脱保护的。FAM, JOE, Dabcyl, TQ 或 BHQ-labeled oligos可以加热到 55°C 在氨水中脱保护,但是TET 和 Cy3 标记的oligo不太稳定,只能在 55°C 稳定几个小时。HEX 和 Cy5 只能在常温中脱保护,并且参与的氨水必须马上洗掉。
goyoo(南京固与生物)公司在引物合成标记用试剂方面拥有国内先进的技术。
荧光素标记: 这些荧光素单体不含有4, 4’ -dimethoxytrityl (DMT) 基团,一旦它们在 5’ 端标记就封端了。
罗丹明标记: TAMRA具有吸光的性质,它的光谱与几类常用的荧光化合物重叠,例如:FAM, HEX, TET 和 JOE, 在双标的FRET探针中是个很好的受体,TAMRA 已经广泛用于荧光定量PCR,和其它分子诊断试剂。TAMRA 标记Oligo可以有两种方法。在标准的脱保护的情况下TAMRA明显不稳定的,它在氨水中降解。如果需要标准的脱保护方法oligo首先在 3’ 端 或 5’ 端标上氨基,然后用TAMRA, SE标记。TAMRA也可以直接标记 Oligo,可以用TAMRA-dT-CE phosphoramidite 取代其中的 dT,或者在 3’ 端用 3’ 端TAMRA CPG 。随后oligo 的脱保护可以用碳酸钾的甲醇溶液脱保护,也可以用 1:1:2 t-butylamine/methanol/water 来脱保护。
淬灭基团的标记: 淬灭基团可以吸收紫外光但是不发荧光,通过FRET用来构建TAQMAN探针。常用的淬灭基团有Dabcyl, BHQ, TQ, TAMRA等。.
下面以6-FAM亚磷酰胺单体来介绍 5’ 端标记Oligo的操作步骤。
6-FAM phosphoramidite
CAS#204697-37-0
中文名:6-FAM 亚磷酰胺单体
分子式C46H58N3O10P
分子量843.94
6-FAM phosphoramidite 连接到Oligo

  1.   用干燥的乙晴溶解6-FAM phosphoramidite(乙晴中水的含量< 30ppm)。
  2.   在PE™ 8900 这台仪器上,加2mL 乙晴到0.1g 6-FAM phosphoramidite中,得到的浓度为50mg/mL。在 PE 390系列仪器上,加 1.2mL乙晴 到0.1g 6-FAM phosphoramidite 得到 0.1M 的溶液。
  3.   轻轻晃动小瓶,直到固体粉末完全溶解。然后放在DNA合成仪上,可以使用三天。
  4.   输入Oligo的合成序列,6-FAM phosphoramidite标记在 5’端,标记时间至少是3分钟。
5. 标准的DNA oligo合成操作。6-FAM phosphoramidite不含有DMT基团,只能在最后一步标记在 5’ 端终止反应。
6. 用氨水在 55°C ,8小时对oligo进行脱保护。
7. 已标记的oligo可以进一步处理,例如脱盐,用HPLC或者 PAGE纯化。纯化过程中FAM标记的oligo因为有颜色所以非常容易收集。
8. 标记的Oligo要避光保存。
标记 TaqMan 探针的常见荧光基团
5’ 端标记用试剂:亚磷酰胺单体
目录号 产品名称 中文名称 规格
6033 Cy3 phosphoramidite Cy3 亚磷酰胺单体 100mg
6034 Cy5 phosphoramidite Cy5 亚磷酰胺单体 100mg
6035 Cy5.5 phosphoramidite Cy5.5 亚磷酰胺单体 100mg
6036 Cy7 phosphoramidite Cy7 亚磷酰胺单体 100mg
6020 6-FAM phosphoramidite 6-FAM 亚磷酰胺单体 100 mg
6021 6-Fluorescein phosphoramidite 6-荧光素亚磷酰胺单体 100 mg
6022 6-HEX phosphoramidite 6-HEX 亚磷酰胺单体 100 mg
6023 6-TET phosphoramidite 6-TET 亚磷酰胺单体 100 mg
6024 6-ROX phosphoramidite 6-ROX 亚磷酰胺单体 100 mg
6032 6-JOE phosphoramidite 6-JOE 亚磷酰胺单体 100 mg
6053 6-TAMRA phosphoramidite 6-TAMRA 亚磷酰胺单体 100 mg
标记 TaqMan 探针的常见淬灭基团
3’ 端标记试剂:CPG系列
目录号 产品名称 规格
6007 3’-DABCYL CPG *500 Å* 100 mg
6008 3’-DABCYL CPG *1000 Å* 100 mg
6010 3’-Fluorescein CPG *500 Å* 100 mg
6011 3’-Fluorescein CPG *1000 Å* 100 mg
6013 6-FAM CPG *500 Å* 100 mg
6014 6-FAM CPG *1000 Å* 100 mg
6050 6-TAMRA CPG *500 Å* 100 mg
6051 6-TAMRA CPG *1000 Å* 100 mg
6060 BHQ-1 CPG *500 Å* 100 mg
6061 BHQ-1 CPG *1000 Å* 100 mg